医学节肢动物的防制是虫媒病防制工作中的重要环节。对于大多数医学节肢动物来说，由于其繁殖力和适应力强、生态习性复杂、种群数量大，仅凭单一措施常很难奏效，必须采取综合防制的办法才能达到有效控制的目的。措施有生物防制、遗传防制和法规防制：
1、生物防制：生物防制是通过利用其他生物(如捕食性天敌、寄生虫或病原微生物等)，或其代谢产物(如昆虫信息素等)来控制医学节肢动物的方法。
生物防制特异性强、对非目标生物和有益生物无害不污染环境，已成为目前医学节肢动物防制的方向之一现在用于医学节肢动物生物防制的生物主要有：捕食性生物，如养鱼以捕食蚊幼虫等；致病性生物种类较多包括寄生性生物和病原微生物，主要有病毒、菌、真菌、原虫、线虫、寄生蜂等。
2、遗传防制：遗传防制是通过不同方法改变或移换节肢动物的遗传物质，以降低其繁殖势能或生存竞争力，从而达到控制或消灭种群的目的。
目前遗传防制尚处于实验阶段。如将转基因蚊虫或大量经射线照射、化学剂、杂交等方法处理产生的绝育雄虫释放到环境中，使之与自然种群的可育雄虫竞争与雌虫交配， 产出未受精卵，如此自然种群逐渐减少。
另外，也可尝试通过培育并释放遗传变异(包括杂交不育、胞质不育、性畸变和带致死因子等)的物种与目标种群交配的方法，已达种群自然递减的目的。
3、法规防制：利用法律、法规或条例，以防媒介节肢动物传本国或携带至其他国家和地区。