从受检者粪便或组织中检获血吸虫病原体(血吸虫卵或毛蚴)，是确诊血吸虫病的依据。在我国，曾经使用过的病原学诊断方法包括厚涂片透明法(加藤法)改良加藤法、重力沉淀法、离心沉淀法、过滤浓集法、改良氢氧化钠消化法、三角烧瓶毛蚴孵化法、塑料杯顶管孵化法、集卵透明法、尼龙绢袋集卵法等粪便检查法及直肠黏膜活组织检查肝活组织检查等组织检查方法。
但由于受到现场适应性、使用方便性及技术或条件的限制，目前人群查病常用的病原学方法仍是粪便检查法，主要为改良加藤法和尼龙绢袋集卵法。然而粪便检查方法对轻度感染者、晚期病人及经过有效防治的疫区感染人群常常会发生漏检。
1、改良加藤法：利用甘油的透明作用使粪便涂片薄膜透明，以便发现虫卵的一类方法。此类方法可作虫卵计数，因此可用于测定人群的感染度和考核防治效果，是目前我国血吸虫病病原学检查的基本方法之一。但由于该方法所取粪便量较少，并受粪便的新鲜度、干湿度、制片数量以及操作规范程度等多种因素的影响，在查病应用中存在一定的漏检率。
2、尼龙袋集卵法：此法适用于大规模普查，是推荐使用的基本方法之一但应防止因尼龙袋处理不当而造成的交叉污染。
3、毛蚴孵化法：利用虫卵中的毛蚴在适宜条件下可破壳而出和毛蚴在水中运动具有一定的特点而设计。由于孵化法可采用全部粪便沉渣，此发现虫卵的机会较直接涂片法大。
4、直肠镜活组织检查：对慢性特别是晚期血吸虫病患者从粪便中查找虫卵相当困难，直肠镜活组织检查有助于发现沉积于肠黏膜内的虫卵。但是直肠镜活组织检查发现虫卵只能证明感染过血吸虫，至于体内是否有活虫，必须根据虫卵的死活进行判断。