粪检找到华支睾吸虫卵是确诊的根据，一般在感染后1个月可在大便中发现虫卵，常用的方法有：
1、涂片法：直接涂片法操作虽然简便，但由于所用粪便量少，检出率不高，且虫卵甚小容易漏诊。改良加藤法(定量透明厚涂片法)，在大规模肠道寄生虫调查中，此法被认为是最有效的粪检方法之一，可用于虫卵的定性和定量检查。
2、集卵法：此法检出率较直接涂片法高。集卵法包括漂浮集卵法和沉淀集卵法两类，沉淀集卵常用水洗离心沉淀法，乙醚沉淀法。
3、十二指肠引流胆汁检查：引流胆汁进行离心沉淀检查也可查获虫卵。此法检出率接近100%，但技术较复杂，一般患者难以接受。临床上对病进行胆汁引流治疗时，还可见活成虫虫体表面光滑，蜷缩有蠕动，根据形态特征，可作为诊断的依据。
华支睾吸虫卵与异形类吸虫卵在形态、大小上极为相似容易造成误诊应注意鉴别另外也要注意与服用灵芝及其制品的患者粪便中的灵芝孢子相鉴别。