布氏冈比亚锥虫病呈慢性过程，病程数月至数年；布氏罗得西亚锥虫病则呈急性过程，病程为3-9个月。有些病人在中枢神经系统未受侵犯以前即已死亡锥虫侵人人体后的病理过程和临床表现包括：
1、初发反应期患者被舌蝇叮咬后，锥鞭毛体在局部增殖，引起淋巴细胞、组织细胞及少量嗜酸性粒细胞和巨噬细胞浸润，导致局部红肿，称锥虫下疳。锥虫下疳约在感染后第6天出现，初为结节，以后肿胀，形成硬结，有痛感，约3周后消退。
2、血淋巴期锥虫进入血液和组织间淋巴液后，出现全身淋巴结肿大淋巴结中的淋巴细胞、浆细胞和巨噬细胞增生。感染后5-12天，出现锥虫血症患者出现发热头痛关节痛肢体痛等症状。
颈后三角部淋巴结肿大是冈比亚锥虫病的特征。其他体征有深部感觉过敏等。此外，心肌炎、心外膜炎及心包积液等也可发生。
3、脑膜脑炎期锥虫侵入中枢神经系统可在发病后几个月或数年后才出现常见病变为弥漫性软脑膜炎，脑皮质充血和水肿，神经元变性，胶质细胞增生。
患者主要表现为个性改变、呈无欲状态。以后出现异常反射，深部感觉过敏共济失调、震颤、痉挛、嗜睡最后昏睡。