寄生虫与宿主的关系主要包括寄生虫对宿主的损害及宿主对寄生虫的抵抗两个方面。寄生虫对宿主的损害主要表现在三个方面：
1、掠夺营养：寄生虫在宿主体内生长、发育及繁殖所需的营养物质均来自宿主寄生的虫荷越多，对宿主营养的掠夺也越严重。此外，有些肠道寄生虫（如布氏姜片吸虫）还可妨碍宿主吸收营养使宿主更易出现营养不良。
2、机械性损伤：寄生虫在宿主体内移行和定居，可对宿主组织造成损伤或破坏，如布氏姜片吸虫依靠强有力的吸盘吸附在肠壁上，可造成肠壁损伤。
蛔虫在肠道内相互缠绕可堵塞肠腔，引起肠梗阻；并殖吸虫童虫在宿主体内移行可引起肝、肺等多个器官损伤棘球蚴除可破坏寄生的器官外还可压迫邻近组织，造成多器官或组织的损伤。如果寄生部位是脑心眼等重要器官，则预后相当严重，甚至致命。
3、毒性与免疫损伤：寄生虫的排泄物、分泌物、脱落物和死亡虫体的分解物等，对宿主均有毒性作用，或能引起免疫病理损害。
如华支睾吸虫在胆管系统长期寄生时，其分泌物代谢产物可逐渐引起胆管上皮增生、附近肝实质萎缩、胆管局限性扩张、管壁增厚，进一步发展可致上皮样增生循环系统中的血吸虫抗原与宿主抗体结合形成抗原抗体复合物沉积于肾小球，可引起肾小球基底膜损伤；棘球蚴中的囊液如大量溢出，可引起严重的过敏性休克。