CT成像极大幅度提升了疾病的检出率与准确性，使医生诊断疾病更为方便，但同时也具有许多局限性，主要包括以下几点：
1、常不能整体显示器官结构和病变：
CT检查常规获取的是各个横断层图像，多不能整体显示器官结构和病变。应用CT三维显示技术能克服这一限度，但增加了后处理时间。
2、多幅图像不利于快速观察：
一次CT检查获取数目众多的横断层图像，尤经薄层厚CT扫描和重建的图像可达数百幅，不利于快速全面仔细观察。在监视屏上，应用电影浏览模式或行冠矢状多平面重组技术，可加速观察流程。
3、受到部分容积效应影响：
当CT图像中同一体素内含有两种密度不同组织时，则该像素所显示的密度或测得的CT值并非代表其中任何一种组织，此即部分容积效应，也称部分容积现象，其影响了小病灶的显示。采用更薄的扫描和重建层厚，可克服部分容积效应的影响。
4、较高的X线辐射剂量：
CT检查的X线辐射剂量较高，是传统X线检查的数十倍，甚至上百倍，故应严格掌握CT检查的适应证，并在检查中注意防护。