通过分离培养，细菌可在固体培养基上形成菌落分离培养是检查鉴定细菌很重要的第一步。细菌的菌落一般分为光滑型菌落、粗糙型菌落、黏液型菌落。
1、光滑型菌落（S型菌落）：新分离的细菌大多呈光滑型菌落，表面光滑、湿润边缘整齐。
2、粗糙型菌落（R型菌落）：菌落表面粗糙、干燥、呈皱纹或颗粒状，边缘大多不整齐R型细菌多由S型细菌变异失去菌体表面多糖或蛋白质形成R型细菌抗原不完整，毒力和抗吞噬能力都比S型菌弱。
但也有少数细菌新分离的毒力株就是R型，如炭疽芽胞杆菌、结核分枝杆菌等。
3、黏液型菌落（M型菌落）：黏稠、有光，似水珠样。多见于有厚荚膜或丰富黏液层的细菌，如肺炎克雷伯菌等。
各种细菌在固体培养基上形成的菌落，在大小形状、颜色、气味透明度、表面光滑或粗糙、湿润或干燥、边缘整齐与否，以及在血琼脂平板上的溶血情况等均有不同表现，这些有助于识别和鉴定细菌。