鉴于抗精神病药物作用于不同的靶点，具有许多药理作用，所以不良反应较多，特异质反应也常见。处理和预防药物的不良反应与治疗原发病同等重要。
1、锥体外系反应：系传统抗精神病药物治疗最常见的神经系统副作用。
2、其他神经系统不良反应：恶性综合征、癫痫发作。
3、自主神经的不良反应：抗胆碱能的不良反应表现为：口干、视力模糊、排尿困难和便秘等。
4、代谢内分泌的不良反应：体重增加、血糖升高等。
5、精神方面的不良反应：许多抗精神病药物产生过度镇静，头晕，迟钝现象。
6、心脏相关不良反应:某些抗精神病药尤其是硫利达嗪可导致心电图的QT间期延长(奎尼丁样作用)等，罕见的严重者可出现尖端扭转性心律失常，极少数可能发展成为室颤或猝死。
7、血液系统变化：白细胞降低，如氯氮平等。