吗啡在临床上主要用于治疗疼痛、心源性哮喘和腹泻，需要注意吗啡诊断未明前慎用。
1、疼痛：吗啡对多种原因引起的疼痛均有效，可缓解或消除严重创伤、烧伤、手术等引起的剧痛和晚期癌症疼痛；对内脏平滑肌痉挛引起的绞痛，胆绞痛和肾绞痛加用M胆碱受体阻断药如阿托品可有效缓解。
对心肌梗死引起的剧痛，除能缓解疼痛和减轻焦虑外，其扩血管作用可减轻患者心脏负担，但对神经压迫性疼痛疗效较差。吗啡镇痛效果与个体对药物的敏感性以及疼痛程度有关，应根据不同患者对药物的反应性来调整用量。
2、心源性哮喘：对于左心衰竭突发急性肺水肿所致呼吸困难，静脉注射吗啡可迅速缓解患者的气促和窒息感，促进肺水肿液的吸收。其镇静作用又有利于消除患者的焦虑恐惧情绪。
3、腹泻：适用于减轻急、慢性消耗性腹泻症状，可选用阿片酊或复方樟脑酊。如伴有细菌感染，应同时服用抗生素。