沙眼衣原体主要寄生于人类，无动物储存宿主，主要会引起人体沙眼、包涵体结膜炎、泌尿生殖道感染、婴幼儿肺炎、性病淋巴肉芽肿等。
1、沙眼：由沙眼生物型A、B、Ba和C血清型引起，在沙眼流行区，主要通过眼-眼或眼-手-眼传播。沙眼衣原体感染眼结膜上皮细胞后，在其中繁殖并在细胞质内形成包涵体，引起局部炎症。早期症状是流泪、有黏性或脓性分泌物、结膜充血及滤泡增生。晚期出现结膜瘢痕、眼睑内翻、倒睫等，也可引起角膜血管翳，导致角膜损害，影响视力甚至致盲；
2、包涵体结膜炎：为婴儿结膜炎和成人结膜炎，前者系婴儿经产道感染，引起急性化脓性结膜炎，不侵犯角膜，能自愈。后者经两性接触、眼-手-眼或污染的游泳池水感染，引起滤泡性结膜炎，又称游泳池结膜炎，其病变类似沙眼，但不出现角膜血管翳，亦无结膜瘢痕，一般经数周或数月痊愈，无后遗症；
3、泌尿生殖道感染：经性接触传播，男性多表现为非淋菌性尿道炎，不经治疗可缓解，但多数会转变成慢性，病情周期性加重，可合并附睾炎、前列腺炎、直肠炎等。女性表现为尿道炎、宫颈炎、输卵管炎和盆腔炎等。若输卵管炎反复发作， 可导致不孕或宫外孕等严重并发症；
4、婴幼儿肺炎：生殖生物型D-K血清型均可引起婴幼儿肺炎；
5、性病淋巴肉芽肿：由沙眼衣原体LGV生物型L1、L2、L2a和L3血清型引起，人是LGV的自然宿主，主要通过性接触传播。
参考资料：[1]李凡，徐志凯.医学微生物学.第9版[M].北京.人民卫生出版社.2018.