肝内胆管结石主要采用手术治疗，治疗原则为尽可能取净结石，解除胆管狭窄及梗阻、去除结石部位和感染病灶、恢复和建立通畅的胆汁引流、防止结石的复发手术方法包括以下几种。
1、胆管切开取石：是最基本的方法，应争取切开狭窄的部位，沿胆总管纵行向上作肝总管及左右肝管的Y形切开，显露1-2级肝管，直视下取出结石；或者在手术中行B超检查协助定位，按照位置取出结石，术中胆管镜检查并取石是达到取净胆管内结石的最有效方法。
2、胆肠吻合术：高位肝管切开取石后，多需做各种胆管空肠吻合内引流术，以预防狭窄、利于残留结石的排出及预防结石复发，但胆肠吻合手术决不能代替对胆管狭窄、结石等病灶的有效手术处理。
3、肝切除术：局限于肝段、肝叶的结石，在确定没有其他部位结石的基础上，尤其是合并纤维化、萎缩和丧失功能时，可考虑做肝段、肝叶切除手术，不仅去除了结石的再生源地，并可防止病变肝段的癌变。
4、残留结石的处理：术后结石残留较常见，可通过T管窦道插入纤维胆管镜取出残留结石；结石过大可采用激光等其他方法将结石碎裂后取出，经T管注入溶石药物 也有一定疗效。
参考资料：[1]苏忠学,吴亚光.实用肝胆外科学.第1版[M].广州.世界图书出版广东有限公司.2013.