自费疫苗和免费疫苗的区别主要在于类别不同、疫苗种类不同等，疫苗接种需要严格按照国家免疫计划进行，避免误打、漏打或者多打，不利于预防疾病。
1、类别不同等：国家二类疫苗是自费疫苗，自愿接种，需要收费，管理比较严格，国家一类计划疫苗是免费疫苗，是不用花钱就可以注射的疫苗。
2、疫苗种类不同：自费疫苗是免费疫苗没有覆盖到的一些传染性疾病，包括HPV疫苗、水痘疫苗、轮状病毒疫苗、流感疫苗、狂犬病疫苗、肺炎疫苗等。
免费的疫苗有卡介苗、脊髓灰质炎疫苗、乙肝疫苗、麻腮风疫苗、甲肝疫苗、流脑疫苗、百白破疫苗，以及乙脑疫苗等。
除此之外，还有其他区别，例如疾病预防危害性风险不同、强制性不同、接种年龄不同等，如果自身抵抗力较弱，也建议接种自费疫苗，可以根据自身情况到当地接种机构进行接种。