临床上瞳孔异常并不是一种独立的疾病，而是一组症状，病因较为复杂，主要与疾病因素、药物因素、环境因素、生活方式有关。
一、疾病因素
1、瞳孔散大：一侧瞳孔散大可见于动眼神经损伤，海马钩回疝或戏交感神经受刺激、眼外伤、视力下降等。双侧瞳孔散大可见于中脑病变、中枢神经系统感染性疾病、脑血管病、脑缺氧、脑肿瘤、颅脑外伤、药物中毒（如阿托品等）、疼痛、恐惧、甲状腺功能亢进、先天性异常等。
2、瞳孔缩小：一则瞳孔缩小可见于动眼神经受刺激，颈交感神经破坏，角膜眼内异物等。两侧瞳孔缩小，可见于婴儿、老年人。梅毒、脑桥病变、脑血管病、药物中毒（吗啡中毒）、有机磷中毒等。
3、瞳孔不等大：常见于一侧动眼神经麻痹、颅底病变、大脑或中脑病变、脑交感神经麻痹等。
二、药物因素
如阿托品、复方托吡卡胺滴眼液等可暂时性改变瞳孔大小。
三、环境因素
光线刺眼时瞳孔会缩小，光线昏暗时瞳孔会扩大。
四、生活方式
1、喜欢长时间看手机、电脑等用眼习惯不好导致出现近视眼的人群，易引发瞳孔异常。
2、经常熬夜，久坐不起身活动的人群，易引起瞳孔异常。