皮下结节的治疗总原则为明确诊断，寻找病因，治疗原发疾病，改善病人的生活质量。治疗方法主要有药物治疗和手术治疗，需根据病情选择。
一、药物治疗
1、对于细菌感染导致的皮下结节，药物治疗则可以使用非甾体类抗炎药如阿司匹林等，控制炎症程度，而当非甾体类抗炎药物使用无效时，可适量使用糖皮质激素。
2、皮肤肿瘤如基底细胞癌、黑色素瘤等可用干扰素、多柔比星、氮芥、甲氨蝶呤治疗。
3、痛风患者可服用秋水仙碱及非甾体抗炎药、激素等治疗。
4、寄生虫患者可服用阿苯达唑、吡喹酮、伊维菌素、三苯咪唑等驱虫，但需注意不同类型寄生虫的剂量和疗程各不相同，需个体化治疗。
5、变态反应性疾病：服用人球免疫蛋白中和抗原，抑制自身抗体的产生。
二、手术治疗
1、对于异物刺激产生的肉芽肿性结节多选择手术切除。
2、对于皮肤肿瘤如脂肪瘤、神经瘤、基底细胞癌可手术切除或激光灼伤、冷冻治疗。
3、游走性血栓性静脉炎可手术切除病灶或导管取栓。