慢性肥厚性咽炎的治疗方式有一般治疗、对因治疗、药物治疗、其他治疗、手术治疗。
一、一般治疗
改变生活方式：养成良好的卫生习惯，改善工作及生活环境，戒除烟酒过度等不良嗜好。进行适当体育锻炼、提高自身整体免疫力。
二、病因治疗
去除病因为治疗慢性肥厚性咽炎的关键，应积极治疗鼻腔、鼻窦、口腔、咽腔病灶及反流性胃食管疾病等全身性疾病。
三、药物治疗
1、常用复方硼砂、呋喃西林溶液等含漱，保持口腔、咽部的清洁。
2、多选用20%硝酸银溶液：烧灼肥大的淋巴滤泡。
3、抗生素：如头孢克洛，可防止咽部、肺部、消化道感染。
四、其他治疗
1、微波理疗仪：采用微波治疗仪，直接治疗增生的淋巴滤泡，治疗后咽喉部会有一些疼痛不适。一般2个疗程后多数慢性肥厚性咽炎可症状缓解明显。
2、超声雾化：用超声雾化器把雾化液喷到咽喉，起着缓解症状的作用，但容易复发，治疗慢性肥厚性咽炎2个疗程后痊愈率较低。
3、冷冻：治疗原理同微波，是采取冷冻的方式使淋巴滤泡蛋白凝固，然后脱落，效果较好有疼痛。
4、激光及等离子射频消融：激光或等离子射频消 融烧灼咽后壁淋巴滤泡，操作简单，痛苦少，无出血，疗效好，目前多采用该治疗方法。
5、电凝固法：因副作用较多，目前已很少应用。
五、手术治疗：
对悬雍垂过长者，持续刺激咽部导致咽炎反复发作者，可考虑行悬雍垂（又称之为腭垂）部分切除术。