骨髓主要的功能包括造血及免疫功能，具体如下:
1、造血功能
红骨髓由造血组织和血窦构成，具有活跃的造血功能，是胚胎末期直到出生后的造血器官。骨髓中的造血干细胞具有高度自我更新能力和多能分化潜能的造血前体细胞，体内血细胞均由其分化而来，血细胞在骨髓中生长、分裂及分化的过程即称为造血。
红骨髓中的基质细胞不仅起造血支架作用，并且能分泌多种造血生长因子，调节造血细胞的增殖与分化，基质细胞还能产生网状纤维、黏连性糖蛋白等细胞外基质成分，有滞留造血细胞的作用。
2、免疫功能
骨髓的免疫功能主要体现在为各类血细胞及免疫细胞发生、B细胞和NK细胞分化成熟、体液免疫应答提供场所，进而实现免疫作用。
3、各类血细胞和免疫细胞发生的场所
在骨髓造血诱导微环境中，造血干细胞最初分化为定向干细胞，包括髓样干细胞和淋巴样干细胞。髓样干细胞最终分化为粒细胞、单核细胞、红细胞和血小板等，淋巴样干细胞分化为祖B细胞和祖T细胞。
3、B细胞和NK细胞分化成熟的场所
在骨髓造血微环境中，祖B细胞经历前B细胞、未成熟B细胞，最终发育为成熟B细胞。NK细胞也在骨髓中发育成熟 。
4、体液免疫应答发生的场所
骨髓是发生再次体液免疫应答后产生抗体的主要部位。记忆B细胞在外周免疫器官受抗原再次刺激而被活化，随后经淋巴液和血液迁移至骨髓，在此分化为成熟浆细胞，持久地产生大量抗体并释放至血液循环，成为血清抗体的主要来源。