胆总管位于右上腹部、肝脏下方，走行于肝十二指肠韧带内。其中胆总管右侧有胆囊，上方有肝脏，胆总管左边主要为肝固有动脉、胃及十二指肠，后方有门静脉。胆总管下段前方主要为胰腺。
胆总管由肝总管与胆囊管汇合而成。根据胆总管的行程，可将其分为4段，即十二指肠上段、十二指肠后段、胰腺段和十二指肠壁内段。
十二指肠上段（第一段）在肝十二指肠韧带内，自胆总管起始部至十二指肠上部上缘。此段沿肝十二指肠韧带右缘走行；十二指肠后段（第二段）位于十二指肠上部的后面，向下内方行于下腔静脉的前方，肝门静脉的右侧；胰腺段（第三段）弯向下外方，此段上部多从胰头后方经过，下部多被一薄层胰组织所覆盖，位于胆总管沟内；十二指肠壁内段（第四段）斜穿十二指肠降部中段的后内侧壁，与胰管汇合后略呈膨大，形成肝胰壶腹，壶腹大部分开口于十二指肠大乳头。