胃和非胃malt淋巴瘤的治疗方法存在一定差异性。当在胃中发现malt淋巴瘤时，通常归因于幽门螺杆菌感染，在这种情况下，治疗通常需要使用多种抗生素以及其他类型药物进行对症处理。对于非胃malt淋巴瘤，则可以采取化学、靶向、生物等类型药物进行用药治疗。
一、药物治疗
1、胃malt淋巴瘤
对于胃部感染幽门螺旋杆菌所引起的胃malt淋巴瘤，可以选用基于克拉霉素，再选择另外两类型的抗生素进行的三联疗法，配合质子泵抑制剂、水杨酸铋等类型药物，进行联合用药，可以起到抑制胃酸分泌，加速胃部损伤组织的愈合。增加双歧杆菌四联活菌片、乳酸菌素散等益生菌药剂进行辅助治疗，可以缩短患者治疗时长。
2、非胃malt淋巴瘤
非胃malt淋巴瘤在被诊断出时，通常已经扩散到附近的淋巴结，但是很少扩散到另一个邻近身体器官组织当中。所以可以通过免疫、化学、生物等药物疗法进行对症处理。利妥昔单抗与口服烷基化剂或嘌呤核苷类似物进行组合治疗，在疾病缓解和生存率方面具有更好的效果。具体药物类型包括利妥昔单抗、环磷酰胺、克拉屈滨等。
二、手术治疗
患有多灶性malt淋巴瘤的病例，可能需要进行广泛的切除处理。术后可能会对患者生活质量造成直接性影响。当发生诸如大出血、幽门狭窄、穿孔等并发症时，通常是必要的处理措施。
三、放射治疗
包括胃和胃周淋巴结在内的中等剂量放疗效果良好，缓解率为93–100％。由于malt淋巴瘤具有惰性特征，目前的放疗副作用并不明显，严重不良反应只出现于极少数患者当中。
malt淋巴瘤通常生长缓慢。大多数人被诊断出患有早期局部malt淋巴瘤，经过系列规范治疗以后，预后前景较理想。总体五年生存率和无病生存率分别高达90％和75％。成功根除幽门螺杆菌后，有70-80％的患者显示malt淋巴瘤完全缓解。