输尿管结石的治疗目的为解除梗阻、缓解疼痛、清理结石、改善肾功能和预防复发。
一、输尿管结石药物治疗
常见药物：枸橼酸氢钾钠、碳酸氢钠、硫酸阿托品、山莨菪碱、双氯芬酸钠、吲哚美辛
1、溶石治疗药物：主要应用于纯尿酸结石和胱氨酸结石。
（1）尿酸结石：口服别嘌醇，根据血、尿的尿酸值调整药量；口服枸橼酸氢钾或碳酸氢钠片，以碱化尿液维持尿液pH在6.5-6.8。
（2）胱氨酸结石：口服枸橼酸氢钾钠或碳酸氢钠片，以碱化尿液，维持尿液pH在7.0以上。治疗无效者，应用青霉胺，但应注意药物不良反应。
2、肾绞痛的治疗药物：主要用于缓解疼痛症状。
（1）非甾体类镇痛抗炎药物：常用药物有双氯芬酸钠和吲哚美辛等，能够抑制体内前列腺素的生物合成，降低痛觉神经末梢对致痛物质的敏感性，具有中等程度的镇痛作用。
（2）阿片类镇痛药：常用药物有氢吗啡酮、哌替啶、布桂嗪和曲马多等，能缓解疼痛感，具有较强的镇痛和镇静作用。
（3）解痉药：常用的解痉药有M型胆碱受体阻断药，包括硫酸阿托品和山莨菪碱；黄体酮可以抑制平滑肌的收缩而缓解痉挛，对止痛和排石有一定的疗效；钙离子阻滞药，硝苯地平对缓解肾绞痛有一定的作用；α1受体阻滞剂，坦索罗辛在缓解输尿管平滑肌痉挛，治疗肾绞痛中具有一定的效果。
二、输尿管结石手术治疗
1、体外冲击波碎石术（ESWL)：可使大多数输尿管结石行原位碎石治疗即可获得满意疗效，并发症发生率较低。
2、输尿管镜碎石取石术：经输尿管镜插入膀胱，沿输尿管直视下采用碎石、套石或取石。
3、经皮肾镜取石术：经腰背部细针穿刺直达肾脏，扩张并建立皮肤至肾内的通道，插放肾镜，直视下取石或碎石。适用于较大的输尿管上段结石及肾结石。
4、腹腔镜输尿管切开取石术：适用于输尿管结石＞2cm，或经体外冲击波碎石、输尿管镜手术治疗失败者。
大部分输尿管结石通过保守治疗、微创治疗如体外冲击波碎石和（或）输尿管镜、经皮肾镜碎石术治疗均可取得满意的疗效。