肌酸激酶偏高的治疗根据其病因不同，也有所不同，具体如下。
1、心脏疾病：可采用药物、手术或者介入的方法治疗。
2、酮症酸中毒：引发酮症酸中毒的诱因主要有脱水和感染，治疗时以补液体为主，并输入小剂量胰岛素，再适时补钾，对症治疗。
3、甲状腺功能减退症：症状不明显时可以不用药物治疗，定期复查即可，随后需要进行药物治疗，一旦吃药可能需要终身服药。
4、皮肌炎：主要通过糖皮质激素、免疫抑制剂等药物与电疗等物理方法治疗。
5、肌营养不良：一般通过神经营养药物、激素，以及辅助康复训练等。
6、脑血管意外：如果是缺血性的脑血管疾病，要先进行抗血小板凝集的药物治疗，必要时进行手术；如果是出血性的脑血管疾病，应尽快行开颅去骨瓣减压和血肿清除术，再加之保守治疗。
7、脑膜炎：需要根据具体病因进行抗病毒、抗真菌等药物治疗。