初中生一天一杯咖啡有坏处，主要坏处有影响睡眠、引起钙流失、刺激胃肠道、诱发疾病等，具体如下：
1、影响睡眠：咖啡中含有大量的咖啡因，如果咖啡因摄入过多，会刺激交感神经，导致大脑处于兴奋状态，因此会影响睡眠；
2、引起钙流失：咖啡中的咖啡因可能会影响钙的吸收，如果长期如此，可能会导致人体内钙缺乏，出现骨质疏松的现象；
3、刺激胃肠道：咖啡是刺激性食物，如果长期饮用会刺激胃肠道，导致胃酸分泌增多，引起腹痛、烧心等不适症状。如果初中生患有胃炎、胃溃疡，此时一天一杯咖啡，还会导致病情加重；
4、诱发疾病：一天一杯咖啡可能会影响胃肠道的消化和吸收，诱发胃炎、十二指肠溃疡等疾病。此外，因为咖啡较苦，一般会在咖啡中加糖，长期如此会导致血糖升高，诱发糖尿病。
初中生在日常生活应减少咖啡的摄入，多喝白开水，并保持清淡饮食，才有利于自身健康。