小便时腹痛多由疾病因素导致，且以泌尿系统感染最为多见，还可见于泌尿系统结石、泌尿系统肿瘤、前列腺疾病等。
1、泌尿系统感染
是微生物入侵泌尿系统而引起的炎症，包括膀胱炎、尿道炎等，泌尿系统感染时，膀胱尿道黏膜炎性水肿，尿液会刺激膀胱尿道黏膜，排尿时膀胱收缩、挛缩，造成小便时腹痛。
2、泌尿系统结石
多由代谢异常、尿路异物等原因导致，常见肾结石、输尿管结石、膀胱结石、尿道结石等，可导致尿路梗阻，以及使排尿时膀胱逼尿肌强烈收缩，引起腹痛。
3、泌尿系统肿瘤
如肾肿瘤、输尿管肿瘤、膀胱肿瘤、尿道肿瘤等，随着肿瘤的生长，肿瘤可直接压迫膀胱出口或堵塞尿路而出现排尿时腹痛。
4、前列腺疾病
如前列腺增生、前列腺炎、前列腺肥大等，可导致尿路梗阻，膀胱逼尿肌剧烈收缩，从而引起小便时腹痛。