一般情况下，新生儿血尿治疗并不单纯是对症处理，需要明确病因，积极处理原发病，从而治疗血尿，可采取免疫抑制剂疗法、抗凝疗法、纤溶疗法等。
一、一般疗法：
积极防治各种感染和去除病灶。患猩红热、化脓性扁桃体炎、脓皮病时应使用足够疗程的青霉素控制感染。患急性肾炎痊愈后，对该型链球菌可获永久性免疫，除非再遇到另一型致肾炎的链球菌，故本病复发少见，一般不主张长期应用药物预防链球菌感染。
二、特殊疗法：
1、免疫抑制剂疗法
由于大多肾炎的发病与免疫机制有关，常采用以糖皮质激素为主的免疫抑制剂疗法。对急进性肾炎及肾炎型肾病尚可采用环磷酰胺或硫唑嘌呤等。对单纯性肾病用短程疗法，泼尼松中、长程疗法用于难治性的、多复发的单纯性肾病或肾炎性肾病。
2、抗凝疗法
肾病综合征亦常伴高凝状态，对重型急性肾炎(如急进性肾炎)、肾炎型肾病采用以肝素为主，配合使用华法林。
3、纤溶疗法
为一种高效的血栓溶解剂，能激活纤维蛋白酶原，使组成血栓的纤维蛋白水解，常用尿激酶。
4、血浆置换术
应用连续血流血细胞分离器每日以新鲜提纯的蛋白成分(主要为人体白蛋白)或新鲜冰冻血浆置换患儿血浆，以去除或减少患儿血液循环中的抗体或免疫复合物。
5、透析疗法
近年来透析疗法已广泛用于治疗急、慢性肾衰竭。透析方法有结肠透析、腹膜透析、血液透析和持续性肾替代治疗。
6、肾移植
是治疗晚期慢性肾衰竭的一种积极有效的方法，由于组织配型技术的发展和免疫抑制药物应用的改进，成功率有所提高。