指甲分层的原因有很多，可见于甲扁平苔藓、甲癣、湿疹、斑秃等疾病，另外接触有机溶剂、洗涤剂或频繁美甲等非疾病因素也会导致指甲分层症状。
一、疾病因素
1、甲扁平苔藓
甲扁平苔藓是一种病因不明的慢性炎症性疾病，受炎性介质影响，指甲可出现增厚、分层等表现，严重时可引起指甲脱落症状。
2、湿疹
湿疹如果发生在甲周围皮肤，因为损伤甲床、甲根部的甲母细胞可引起指甲的分层及变形，轻者甲出现点状变白、横脊、纵脊，增厚、失去光泽表现，重者甲脱落。
3、斑秃
斑秃属于自身免疫性疾病，斑秃患者由于甲母质遭到破坏，通常会伴随有明显的甲病变，如出现纵脊。
4、甲癣
甲癣也称“灰指甲”，是真菌感染甲板后的表现，真菌产生的角蛋白酶可分解甲板中的角蛋白，使甲板表面出现甲面凹点或沟纹，此时甲母质合成甲板功能异常可引起指甲分层现象。
二、非疾病因素
1、指甲干燥
如果周围环境过于干燥，甲板含水少，日常生活中对甲板不断磨损或产生创伤可导致甲板分层。
2、指甲脆性增加
指甲长期浸水后再脱水，如洗衣过程中会接触洗涤剂等物质，待浸泡、清洁后在脱水会使甲板更加脆弱，一旦出现裂纹容易出现指甲分层现象。
3、频繁美甲
美甲由于需要打磨，会使用有机溶剂进行卸甲，频繁美甲会导致甲板出现损伤，容易出现指甲分层情况。
4、微量元素及维生素缺乏
铁、钙、碘及维生素A、B、D、E缺乏都会引起指甲代谢异常，从而导致指甲分层症状。