关节肿痛的原因较多，主要包括疾病因素、非疾病因素，疾病因素有感染性关节炎、代谢障碍性关节病、关节周围结构疾病、自身免疫性疾病、血液病等。
一、疾病因素
1、感染性关节炎
由于血源性或者是直接的侵入方式，使细菌在局部增殖，造成关节的感染破坏，从而产生明显的水肿、肿胀以及伴有炎症反应等，这是比较常见的原因。有时还见特殊性的细菌感染，如关节的结核等也会引起肿痛，如化脓性关节炎、结核性关节炎等。
2、代谢障碍性关节病
机体因先天或后天性因素破坏或干扰了正常骨代谢和生化状态，导致骨生化代谢障碍，从而发生的骨疾病，如痛风性关节炎、褐黄病性关节炎等。
3、关节周围结构疾病
由于关节周围结构的病损而产生的关节周围的结构，如关节囊、滑囊、肌肉、肌健、腱鞘筋膜等结缔组织，本身可以发生炎性病变，也可以产生慢性劳损伤，如狭窄性腱鞘炎、慢性滑囊炎、腱鞘囊肿、肩关节周围炎、腕管综合征、跖管综合征、肱骨外上髁炎等。
4、自身免疫性疾病
因病原微生物及其产物、药物、异种血清与血液中的抗体形成免疫复合物，流经关节沉积在关节腔引起组织损伤和关节病变，如 风湿性关节炎、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎等。
5、血液病：血液病所致的关节炎、牛皮癣性关节炎、大骨节病，亦可导致关节肿痛。
二、非疾病因素
外伤、减压病、放射性损伤，长期服用某些药物等也可导致关节肿痛。