如果宫颈囊肿比较小，女性没有明显症状出现，不需要进行特殊处理。如果囊肿比较大，女性有明显症状出现时，可以遵医嘱进行一般治疗、药物治疗、手术治疗等。
一、一般治疗
平时需要多注意卫生，尤其是在性生活时需要男女双方清洗外生殖器。如果女性没有生育要求，在性生活时需要采取避孕套措施。女性出现明显不适症状，或需要先寻找原发性病因，然后针对性进行治疗。
二、药物治疗
1、消糜栓、治糜灵栓：如果是单纯的宫颈囊肿，比较小，没有明显症状出现，多不需要使用药物进行治疗。如果伴有阴道炎、宫颈炎是可以使用一些阴道内药物塞入阴道内，常用的药物为消糜栓、治糜灵栓。在使用药物的时候，一定要严格按照医嘱正确塞入阴道内。
2、头孢菌素：如果女性患有宫颈囊肿，同时伴有奈瑟菌感染，需要大剂量单次给药，一般常用第三代头孢菌素，如头孢曲松纳、头孢克肟、大观霉素等，单次肌肉注射或者是口服。但是有些患者在使用药物治疗期间有可能会出现恶心、呕吐、腹痛等不良反应。
3、四环素类：存在沙眼衣原体感染时，治疗药物主要有四环素类如多西环素，红霉素类如阿奇霉素、红霉素等，喹诺酮类如氧氟沙星、左氧氟沙星等。在服用药物的时候，一定要严格按照医嘱，必要时进行联合服用药物。但是有些患者在服用药物的时候，有可能会出现胃肠道不适症状。
4、如果有些女性还合并阴道炎，需要先明确阴道炎类型，然后针对性进行治疗。如果存在细菌性、滴虫性阴道炎，可以在阴道内塞入双唑泰栓、硝呋太尔软胶囊等药物治疗。如果是霉菌性阴道炎，可以使用克霉唑栓、达克宁栓塞入阴道内。在使用栓剂治疗时不能进行性生活，而且还需要多注意外阴部卫生，以免对治疗效果造成影响。
三、手术治疗
囊肿比较小时，女性没有明显异常症状出现，不需要进行手术治疗，可以通过药物治疗。如果女性有明显症状出现或者是囊肿比较大时，可以手术把囊肿进行切除或者刺破，必要时还可以对糜烂处进行治疗，达到基本治愈目的。
四、其他治疗
如果女性没有明显的症状出现，而且属于生理性的柱状上皮移位，不需要进行特殊处理。对于存在分泌物增多，而且伴有接触性出血时可以进行物理治疗，常用的方法为激光、冷冻、微波等方法。但是在进行治疗前需要进行常规的宫颈癌筛查，如果存在急性生殖道炎症时也不能够进行治疗，治疗的时间最好选择在月经干净3-7天内进行。