囊肿性痤疮可以使用维A酸类药物、过氧化苯甲酰、抗生素药物、异维A胶囊、激素类药物等。
1、维A酸类药物：具有控制炎症、促进毛囊角化恢复正常减少毛囊闭塞和微小粉刺形成，加速炎症后色素沉着消退和改善痤疮瘢痕等功效。目前常用药物包括维A酸霜或凝胶、0.1%阿达帕林凝胶。外用维A酸类药物常会出现轻度皮肤刺激反应，如局部红斑、脱屑、出现紧绷感和烧灼感，但随着用药时间的延长可逐渐消失。
2、过氧化苯甲酰：具有灭菌、溶解粉刺及收敛的作用。部分人会出现轻度刺痛反应，建议从低浓度、小范围开始使用。本药可以单独使用，也可以和维A酸类药物（分开使用）、外用抗生素联合使用。
3、抗生素药物：首选四环素类的药物，如盐酸多西环素、盐酸米诺环素。其次选大环类酯类药物如克拉霉素、红霉素、阿奇霉素等。常见不良反应有胃肠道不适、头晕等。
4、异维A胶囊：异维A酸是唯一能长期缓解，甚至“治愈”囊肿性痤疮的药物。作用于囊肿性痤疮所有致病环节，包括显著抑制皮脂腺分泌，减少毛囊皮肤腺导管阻塞，减少炎症介质的产生等作用。
5、激素类药物：包括雌性激素、抗雄激素和糖 皮质激素。雌性激素包括复方醋酸环丙孕酮片。抗雄激素药物包括安体舒通片、甲氰咪呱片，适于合并多囊卵巢综合征者、月经前痘痘显著加重的女性、囊肿性痤疮患者、年龄大于25岁的青春期后囊肿性痤疮。