自身免疫性溶血性贫血需要与血栓性血小板减少性紫癜、阵发性睡眠性血红蛋白尿、再生障碍性贫血等疾病鉴别。
1、血栓性血小板减少性紫癜：主要表现为皮肤黏膜出血，视网膜、球结膜下出血，头痛、视力障碍、意识紊乱出血等神经系统异常，伴有皮肤及巩膜黄染、尿色变深、血尿、蛋白尿等，依据临床表现及相关检查结果可鉴别诊断。
2、阵发性睡眠性血红蛋白尿（PNH）：是一种后天获得性红细胞膜表面缺陷，导致血管内溶血的发生。PNH患者红细胞膜锚蛋白缺陷，导致红细胞膜不稳定，特别在酸性环境下容易发生破坏，导致血管内溶血。PNH并不是抗体介导的溶血性疾病，因而抗人球蛋白试验阴性，而酸溶血试验阳性。患者外周血CD59阴性细胞比例显著增加，FLAER检测可以更敏感更准确地检出PNH克隆，已成为PNH诊断的重要指标。
3、再生障碍性贫血：患者表现为发热、贫血、出血，肝脾、淋巴结不肿大。贫血较重，外周血白细胞和中性粒细胞减少，骨髓造血功能减低，巨核细胞减少。