巨肠症的治疗方式有药物治疗、手术治疗以及其他治疗。
一、药物治疗
常见药物：开塞露
缓泻剂：如开塞露，可软化大便，刺激肠壁，反射性引起排便反应，同时具有润滑作用，能使大便容易排出。
二、手术治疗
1、结肠造瘘术：已确诊病例，但患儿一般情况差，营养不良不能耐受根治术；结肠灌洗不能缓解腹胀者；合并严重小肠结肠炎的巨结肠危象者；并发肠穿孔腹膜炎者及长段型洗肠困难者均应行结肠造瘘术。此外，全结肠型应采用回肠末端造瘘术。
2、根治术：诊断明确，全身状况良好者，应尽早行根治术，此术不需开腹，术后恢复快，住院时间短，手术效果良好。
三、其他治疗
保守治疗：口服缓泻剂、润滑剂，帮助排便；使用开塞露、扩肛等刺激括约肌，诱发排便；灌肠：肛管插入深度要超过狭窄段，每日1次注入生理盐水，揉腹后使灌肠水与粪水排出，反复数次，逐渐使积存的粪便排出。