丝状疣部分疣体可自然消退，但易复发，如数目较多、影响外观或有美容要求可选择治疗。主要方法有药物治疗、手术治疗、物理治疗、中医治疗。
一、药物治疗
常见药物：5-氟尿嘧啶、酞丁胶软膏、维A酸软膏、阿达帕林
皮损数目多，可选用5-氟尿嘧啶或酞丁胶软膏外涂，维A酸软膏或阿达怕林霜外用，平阳霉素用普鲁卡因稀释，于疣体根部局部封闭注射，喜树碱霜外用。
二、手术治疗
手术切除：手术后可能会遗留瘢痕。
三、物理治疗
1、二氧化碳激光治疗：为首选治疗方法，有治愈率高、患者的痛苦小、手术时间短等优点。
2、微波治疗手术：可以有效祛除丝状疣，此方法简单，治愈率较高。
3、液氮冷冻治疗：也是较常用的治疗方法。
四、中医治疗
选择一些具有腐蚀性药物的中药点涂治疗。