水样便最常见于消化系统炎症，其他系统疾病，如感染、神经功能紊乱、急性中毒等也可引起水样便。
一、疾病因素
1、感染性疾病：部分病原体感染患者后，可引发水样便的出现。
2、霍乱：霍乱是因摄入的食物或水受到霍乱弧菌污染而引起的一种急性腹泻性传染病。洗米水状的粪便是霍乱的特征。
3、空肠弯曲菌肠炎：3岁以下婴幼儿多见。家禽家畜可作为中间宿主传播该病。临床表现为发热、腹泻，病程初期粪便可呈水样便，继而呈痢疾样黏液脓血便。
4、耶氏菌肠炎：耶氏菌是一种人畜共患疾病的病原菌。临床主要表现为小肠结肠炎。多数散发，少数呈暴发流行，婴幼儿多见。主要症状有发热、腹痛、腹泻。大便可呈水样，也可黏液样或胆汁样。
5、轮状病毒肠炎：秋、冬季节高发，通过粪-口传播，也可通过气溶胶形式经呼吸道感染而致病。潜伏期1~3天，多发生在6~24个月婴幼儿。起病急，常伴发热和上呼吸道感染症状，多数无明显感染中毒症状。病初1~2天常发生呕吐，随后腹泻，出现水样便。大便次数及水分多，呈黄色水样或蛋花样便带少量黏液，无腥臭味。
6、铜绿假单胞菌肠炎：铜绿假单胞菌在肠道寄生，一般不致病，滥用抗生素致微生态失衡可诱发肠炎。也可在一些体弱小婴儿中散发，或在婴儿室暴发。临床表现为腹泻，开始为水样便，顷刻以后转为黏液或脓血便。感染中毒症状明显，多数伴脱水酸中毒，严重者可休克。
7、其他疾病：胃泌素瘤、肠道隐孢子虫病、甲亢、肠易激综合征、功能性腹泻肠易激综合征、功能性腹泻等疾病可导致患者激素分泌异常，使胃肠道吸收、分泌、蠕动等出现异常，从而导致水样便。
二、非疾病因素
食物中毒也可以引起水样便。