便秘需要做以下几种检查来明确诊断：
一、实验室检查
1、血常规
若便秘由肠道病变引起，且伴有溃疡出血，红细胞和血红蛋白检测有助于判断出血程度。
2、粪便常规
有利于对便秘病因作出初步筛查。
3、粪便隐血试验
可排除结直肠器质性病变。
4、凝血功能
出血时间、凝血时间、凝血酶原时间、血小板计数等，有助于出血性疾病(血友病、血小板减少性紫癜等)的诊断。
5、肛门直肠指诊
直肠指诊有助于排除肛门直肠器质性疾病，了解肛门括约肌功能。肛门直肠指诊简便、易行，通过指诊可了解有无肛门直肠肿物等器质性疾病，对评估肛门括约肌和耻骨直肠肌功能也非常重要。多数研究显示，肛门直肠指诊可以作为不协调性排便或需要肛门直肠压力测定检查的初筛指标。肛门直肠指诊时嘱患者做用力排便的动作，正常情况下肛门口松弛，如手指被夹紧，提示可能存在肛门括约肌不协调收缩；对合并肛门直肠疼痛的患者，通过检查耻骨直肠肌触痛可以鉴别是肛提肌综合征，还是非特异性功能性肛门直肠疼痛。
二、结肠镜
对有警报征象的慢性便秘患者，要有针对性地选择辅助检查以排除器质性疾病。警报征象包括便血、粪便隐血阳性、发热、贫血和乏力、消瘦、明显腹痛、腹部包块、血癌胚抗原升高、有结直肠腺瘤史和结直肠肿瘤家族史等。对年龄≥40岁的初诊患者，建议行结肠镜检查。国内一项研究报道称，慢性便秘患者结肠镜检查结肠腺瘤的检出率为13.6％。但关于慢性便秘与结肠癌的关系尚存争议。
三、排便造影检查
排粪造影是对肛门直肠和肛门括约肌做静态和动态的检查法，除可发现大肠器质性病变外，还可显示肛门直肠的功能异常，也可用于研究盆底肌群的功能，了解肛门自制的机理。排便造影检查前不需要任何准备，因直肠通常是空虚的。检查前不宜做清洁消肠，因直肠内存留的液体会冲淡造影剂，使造影剂与直肠壁的粘附性减低。
四、肛管直肠测压法
肛管直肠测压指利用特制的压力测定仪器检测直肠、肛管内压力和直肠、肛门间存在的某些生理反射来了解直肠肛门的功能状态，近年来，有关应用此法观察痔、肛裂、肛癭、排便失禁、直肠脱垂、直肠孤立性溃疡综合征、会阴下降综合征等患者的肛肠内压变化的报导很多。目前，肛管直肠测压法已成为研究肛门直肠生理、诊断肛肠疾病、评价手术效果的重要方法。
五、结肠测压
结肠测压与小肠测压的方法相同，同样采用液体灌注方法和8个通道的测压管，以测定结肠各段的压力变化和运动传导情况，有研究发现，结肠的运动一般左侧结肠比右侧强，乙状结肠的运动最强，进餐后其结肠的运动也较空腹时增强。结肠测压主要用于区别便秘患儿是肌源性便秘还是神经源性便秘，另外，肠梗阻患儿术前若结肠动力正常可以不行结肠切除。