益生菌的正确服用方法包括温开水冲调、即冲即喝以及饭后服用等，建议在医生指导下使用益生菌，不建议自行服用。
1、温开水冲调：益生菌为活菌制剂，适合在人体内存活。最佳生长温度约为37℃，因此应该用35-40℃的温开水冲服或吞服。避免使用沸水冲服，因为高温可能导致益生菌失去活性；
2、即冲即喝：冲调好的益生菌应尽快服用，粉末状益生菌处于休眠状态，遇水后才会发挥活性，在体外存放时间过长，会导致其活性明显下降，从而失去功效；
3、饭后服用：最佳服用时间是进食后20分钟左右，进食后食物可以中和大量胃酸，使胃酸浓度下降，有利于益生菌顺利进入小肠，发挥其功效。
此外，若必须同时服用益生菌和抗生素，最好间隔2小时以上。抗生素对益生菌影响较大，可能会杀灭具有活性的益生菌，为避免影响疗效，建议尽量避免与抗生素同时服用。