办健康证一般不会查出艾滋病和梅毒。健康证所检查的内容主要包括一般检查，如听力、视力、色觉、脊柱四肢、身高体重、甲状腺、血压、皮肤、肺、心脏等；抽血检查包括肝功能检查、血常规、甲型肝炎抗体测定、戊型肝炎抗体测定；便常规；X光胸透等。可以明确是否患有病毒性肝炎；有无肠道致病菌，用于诊断痢疾杆菌、伤寒或副伤寒；明确是否有活动性肺结核等。但一般不做艾滋病和梅毒的检测。
如果怀疑自己有艾滋病或梅毒，建议到疾控中心做进一步检查，如果检测结果为阳性，建议遵医嘱及时用药治疗，同时不可恶意传播病毒，否则需要承担法律责任。