肺部CT可以查出肺栓塞。但肺部CT包括胸部CT平扫、CT肺动脉造影等，胸部CT平扫不容易发现肺栓塞，肺栓塞往往需要通过CT肺动脉造影检查明确诊断，CT肺动脉造影不仅可以直接观察肺动脉的栓子情况，还可以观察肺动脉的形态以及外周组织的关系。
CT肺动脉造影由于是无创性，而且精准度比较高，在目前临床上可以作为肺栓塞第一线影像学的诊断工具。肺栓塞直接征象表现为肺动脉内的充盈缺损，其充盈缺损可以是完全性或者部分性。可以呈现轨道征，在远端的血管不显影，其间接的征象可以表现为肺野楔形密度增高，或者呈现条带状高密度区以及盘状肺不张。
肺动脉的中心可以呈现扩张，其远端的血管分支会消失或者减少，但是对于亚段及以下的肺栓塞，肺动脉造影检查的诊断价值有限，往往需要结合其他检查明确。