引起脾囊肿的原因包括寄生虫感染、外伤、先天性以及肿瘤组织转移，具体如下：
1、寄生虫感染：寄生虫性的囊肿大部分是由于身体里面感染了棘球绦虫，包虫囊较小的幼虫经过身体血液到皮里面，在此生长发育成寄生虫性的囊肿。这种囊肿里面会有寄生虫的虫体，或者虫卵以及坏死的组织。
2、外伤：可引起脾脏继发性囊肿，可能的机制是患者腹部受创导致腹腔内形成血肿，继而形成脾囊肿。
3、先天性：脾内胆管或淋巴管发育障碍所致。在胚胎发育时期，多余的胆管自行退化而不与远端胆管连接。若脾内多余胆管未发生退化和吸收，并逐渐呈分节状和囊状扩张而形成囊肿。
4、肿瘤组织转移：是脾囊肿的病因之一，淋巴瘤或是其他器官转移癌会形成脾囊肿。