轻微的葡萄球菌感染，包括疖和食物中毒，不需要进行治疗，在几天或几周内将会自然痊愈。建议使用抗菌口服药或外用抗生素霜进行抗感染治疗，并且需要引流皮肤上的脓液。对于侵袭性葡萄球菌感染，一般需要住院治疗，主要包括药物治疗、手术治疗等。
一、药物治疗
1、利福平：虽对金葡菌具高度杀菌活性，但单独应用时致病菌易产生耐药性，且仅可口服给药，故一般作为辅助药物。
2、克林霉素：对金葡菌具较强的抗菌活性，但对表葡菌的作用则较差。
3、氨基糖苷类药物：毒性一般较大，有效量与中毒量比较接近，应用时宜严密注意患者的听力和肾脏情况，并多次测定血药峰浓度和谷浓度。
4、万古霉素：对金葡菌及凝固酶阴性菌株均有强大的杀菌活性，且临床效果卓著，特别在细菌对β-内酰胺类耐药或患者，对青霉素类过敏时尤有应用指征。该药最大的缺点为对肾和耳有一定毒性，故在患者肾功能减退时慎用，并需有血药浓度的检测和监护。
5、磷霉素：毒性小，对各种葡萄球菌均具抗菌活性，且可进入各种组织和脑脊液中，但细菌易对磷霉素产生耐药。故用该药治疗严重金葡菌感染时宜与氨基糖苷类如庆大霉素，或耐酶青霉素如苯唑西林、氯唑西林等合用。
二、手术治疗
1、引流术：主要是对脓液的充分引流，常是处理某些伴有脓肿的葡萄球菌感染的先决条件。疖、甲沟炎、睑腺炎等表浅感染，在自行穿破或切开排脓后即迅速痊愈，一般无需抗菌药物；皮下深部脓肿或骨髓炎有脓肿形成时则须切开引流，肺脓肿可采取体位引流，这些感染均须加用抗菌药物治疗；多房性肝脓肿主要依靠药物治疗，单房较大脓肿则在内科药物治疗效果不满意时，考虑外科引流。
2、更换瓣膜手术：人工心脏瓣膜或静脉插管伴有葡萄球菌感染时，必须更换瓣膜或拔除插管，单用抗菌药物常不能控制感染。
三、其他治疗
葡萄球菌感染患者，有全身症状或局部病灶呈迅速发展的趋势时，应立即采用积极的抗菌治疗。