引起细菌性结膜炎的原因根据疾病分类可有不同，具体如下：
一、超急性细菌性结膜炎
1、淋病奈瑟菌感染：淋球菌性结膜炎成人主要是通过生殖器－眼接触传播而感染，新生儿主要是由分娩时经患有淋球菌性阴道炎的母体产道感染导致细菌性结膜炎。
2、脑膜炎奈瑟菌感染：脑膜炎球菌性结膜炎最常见患病途径是血源性播散感染，也可通过呼吸道分泌物传播。
二、急性或亚急性细菌性结膜炎
1、表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌感染：是急性或亚急性细菌性结膜炎最常见的两种病原体，任何年龄均可发病。
2、肺炎链球菌感染：肺炎链球菌性结膜炎冬季最为多见，可合并上呼吸道感染。
3、流感嗜血杆菌感染：是儿童细菌性结膜炎最常见的病原体。
5、白喉杆菌感染：在我国由于白喉疫苗的广泛接种，本病目前已极为少见。
三、慢性细菌性结膜炎
1、由急性细菌性结膜炎演变而来：急性结膜炎由于耐药或者反复感染迁延不愈而演变成慢性细菌性结膜炎。
2、毒力较弱的病原体感染：表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌和摩拉克菌是慢性细菌性结膜炎最常见的病原体。