局灶性节段性肾小球硬化的并发症有急性肾损伤、感染、血栓栓塞蛋白质、脂肪代谢紊乱等。
1、急性肾损伤：肾病综合征病人可因有效血容量不足而致肾血流量下降，肾小管缺血性损伤。又因肾间质高度水肿压迫肾小管以及大量蛋白管型，阻塞肾小管，导致肾小管受损。
2、感染：营养不良、免疫功能紊乱会引起感染。感染是导致病情复发和疗效不佳的主要原因，甚至导致病人死亡，应予以高度重视。
3、血栓栓塞：由于血液浓缩及高脂血症造成血液黏稠度增加，一些小分子的抗凝血因子从尿中丢失，引起机体凝血、抗凝和纤溶系统失衡。因此，易发生血栓、栓塞。
4、蛋白质及脂肪代谢紊乱：长期的低蛋白血症可导致营养不良，小儿生长发育迟缓，免疫球蛋白减少，造成机体免疫力低下。持续的高脂血症和高胆固醇血症，不仅会引起肾小球疾病的进展，而且还能引起全身动脉粥样硬化，增加发生心血管疾病的风险。