脑干肿瘤的治疗方法有药物治疗、手术治疗和其他治疗，患者应严格遵医嘱进行，以免出现其他不良反应。
一、药物治疗
1、尼莫司汀：尼莫司汀具有烷化作用，能抑制DNA和RNA的合成。有食欲不振，恶心、呕吐、乏力、发热、皮疹、脱发，对肝功能有一定影响（用药后1～3周氨基转移酶可升高，2-3周后自然恢复）。
2、卡莫司汀：莫司汀为亚硝脲烷化剂，用于脑瘤和颅内转移瘤。常见不良反应为消化道反应及迟发的骨髓抑制，在用药后4-6周时白细胞达最低值。
3、环卫亚硝脲：环已亚硝脲是抗肿瘤烷化剂，其作用机制与卡氮芥相似，用于治疗脑肿瘤等。
二、手术治疗
肿瘤切除手术目的是明确肿瘤性质，恢复脑脊液循环。良性肿瘤应争取获得全切除或次全切除，如星形细胞瘤Ⅰ级、血管网状细胞瘤或结核球（瘤）等，可望全切而获治愈效果。恶性肿瘤亦应力争全切除，或行次全切除，部分切除，以达到充分的内减压效果。胶质细胞瘤术后辅以放疗和化疗，可延长患者的生存期。
三、其他治疗
1、支持和对症治疗：一般在围手术期可以用加强支持和对症治疗，但是对于一些有不适的症状患者需要采用鼻饲、气管切开、人工辅助呼吸等方法进行治疗。
2、单纯放射治疗：是最为常见的一种方法，有条件者可采用立体定向放射治疗或三维适形放射治疗。