消化道穿孔的治疗方法有药物治疗、手术治疗、中医治疗。
一、药物治疗
常见药物：雷尼替丁、法莫替丁、奥美拉唑、泮托拉唑、硫糖铝、抗生素
1、抑制胃酸分泌：如雷尼替丁、法莫替丁、奥美拉唑、泮托拉唑等。
2、保护胃黏膜：如硫糖铝可保护胃黏膜，促进溃疡黏膜愈合。
3、控制感染：清除患者腹腔积液后，可采用抗生素控制患者的感染。广谱抗生素能抑制大部分的细菌，但是应用该药物可导致患者腹泻、恶心等，如头孢呋辛、青霉素等。
二、手术治疗
1、彻底性的手术可以选择胃大部切除术，可以一次性解决穿孔问题。
2、迷走神经切断术已很少应用。
3、穿孔时间短，估计腹腔污染轻微者可选择腹腔镜；穿孔时间长，估计腹腔污染重者应选择开腹方式。
4、行胃溃疡穿孔缝合术时，如操作无困难可先切除溃疡，然后再行贯穿缝合，以期望对合缘为正常胃组织，但十二指肠溃疡穿孔因隔小，为避免造成流出道狭窄，则不宜采取此方式。
三、中医治疗
中医药对消化道穿孔的主要干预手段有针灸疗法等，临床可根据具体情况选择合适的治疗方式，并配合饮食调节、心理疏导等方法综合调治。中医治疗的重点在于辨证施治，专病专方。