甲壳素及奥利司他在作用途径、用药指导、副作用等方面存在差异，使用者应当明确两种药物的作用及副作用，合理应用药物，避免出现不适。
1、作用途径：奥利司他是胃肠道脂肪酶抑制剂，通过减少人体从胃肠道中吸收的脂肪量，控制热量，从而达到减轻体重的作用。甲壳素会与食物中的脂肪附着结合，抑制脂肪分解，形成难以吸收的壳聚糖及复合类物质，该类物质在肠内不被吸收，会逐渐排出体外，从而达到减肥效果；
2、用药指导：奥利司他属于处方药，需凭医生的处方进行购买，严格遵循医嘱服药。而甲壳素属于非处方药，可以自行购买，自行用药，但是使用者最好在专业医生的指导下用药；
3、副作用：甲奥利司他作为一种胃肠道脂肪酶抑制剂，大多数副作用均表现在胃肠道，具体包括柏油状大便、胃痛、腹泻、呕吐、大便失禁等，而甲壳素能够被生物降解，刺激性，副作用较少。
甲壳素及奥利司他均具有一定的副作用，而且停药后可能会反弹，因此建议避免用药物减肥，尽量通过控制饮食、加强功能锻炼的方式减肥。