鼻窦炎手术的风险与手术位置有关，通常上颌窦和筛窦的手术风险相对要低一些，而额窦以及蝶窦位置手术风险要相对高一些，可能会出现风险有脑脊液鼻漏、鼻出血。
1.脑脊液鼻漏：多因损伤筛板、筛顶和蝶窦所致，其发生率约为0.5％，会导致患者眶周淤青，眼球活动障碍，甚至失明，一旦发生术中常能发现，可封堵瘘孔，外铺筋膜并用明胶海绵压紧。术后也有脑脊液鼻漏的风险，应先采取保守治疗，常可自愈。如脑脊液量较多，2周后仍未愈者，应行鼻内镜下脑脊液鼻漏修补术。
2.鼻出血：鼻腔大出血是内窥镜鼻窦手术术中可能出现的情况，常因损伤筛前动脉、筛后动脉、蝶腭动脉及鼻后中隔动脉所致。出血量常在200ml以上，甚至迫使手术中断，严重时可危及病人生命。手术出血的多少与手术熟练程度关系密切，因此熟练的手术技术是减少出血的重要因素之一。