扁桃体发炎的严重后果需要结合具体的病程时间来分析。
1、急性扁桃体炎：急性扁桃体炎的病程时间一般比较短，主要考虑细菌感染或者病毒感染导致，临床上一般以细菌感染为多见。症状以咽喉疼痛、吞咽困难、发热为主。如果急性扁桃体炎炎症进一步加重，则可能会引起扁桃体周围炎、扁桃体周围脓肿。患者咽喉疼痛的症状会进一步加重，甚至会出现呼吸困难。所以，这种情况需要及时地就诊，完善血常规、生化等检验，行脓肿切开引流，再积极地配合敏感抗生素治疗才能够彻底地治愈。
慢性扁桃体炎：病程时间则比较长，大于3个月以上。如果慢性扁桃体炎反复地发作、迁延不愈，严重的后果则可能会诱发免疫系统的相关疾病，比如慢性肾炎、心内膜炎、关节炎等。所以，对于慢性扁桃体炎合并有免疫方面疾病情况，则只有手术切除扁桃体才可能会进一步好转和控制。