肛门病毒疣通常指的就是肛门尖锐湿疣，多数情况下是由于HPV6、HPV11这两种型号感染导致的疾病。根据《中国尖锐湿疣临床诊疗指南》资料显示，尖锐湿疣病例中的90%-95%均由这两种病毒感染引起。尖锐湿疣是一种复发率很高的疾病，虽然并非不治之症，但治疗上若选择的方法不对或日常护理不当，都有可能导致其出现反复发作。
在绝大多数医院的皮肤科，治疗肛门病毒疣主要采用的是物理方法。比如常见的二氧化碳激光、液氮冷冻、电灼、手术切除等。这些方法各有优劣，一般在去除局部疣体上还有效果。不过疣体去除以后一段时间很容易复发，出现复发就需要再次就医治疗，如此反复的患者比较普遍。所以采用物理治疗比较难去根，某些患者局部皮损比较轻微，疣体少且小，或者感染部位相对比较干燥，病情发展起来也就较慢，采用上述治疗反馈效果就会好一些。但有的人可能局部环境有利于病情发展。比如本身还有肛门潮湿的患者，通过物理治疗的效果并不理想，复发率也会更高。
除物理治疗以外，还有化学治疗、免疫治疗和中医治疗等方法。其中以中医中药治疗尖锐湿疣更为有效且安全，一方面，中医治疗采用的是温和痛苦小的方式，患者接受度更高，过程不那么疼痛，能够持续配合就医和复查。另一方面，中医可以达到标本兼治，去疣清毒之功效。