角膜移植手术后的并发症主要有以下几种：
1、原发病的复发。
2、角膜移植排斥反应，机体对移植物抗原发生免疫反应，免疫排斥反应发生的时间一般在术后两周至一年，其中3-6个月是免疫排斥的高峰，以后逐渐下降。
3、植片的溃疡，主要是由于干眼症、眼睑闭合不全、倒睫、原发病复发、角膜缘干细胞功能不全或角膜内皮细胞功能失代偿，角膜移植术后植片溃疡多在术后2-10个月发生，多见于植片的中央，一般认为溃疡形成与角膜植片神经营养不良，免疫排斥反应，原发病复发及感染等因素有关。
4、缝线相关问题，缝线过紧或过松、断裂、感染。
5、继发性青光眼，术后严重葡萄膜炎，术后形成虹膜前后粘连，导致房角关闭，多发生于术后的早期，免疫排斥反应也有可能激发眼压升高。术后长期应用糖皮质激素药物也可以引起激素性青光眼。