慢性萎缩性胃炎的用药需要根据患者的症状，以及致病的原因来决定。
如果患者存在有上腹部烧心、反酸以及饱胀不适等症状，可以应用抑制胃酸分泌的药物以及胃黏膜保护剂来治疗，比如可以口服奥美拉唑、泮托拉唑或者雷贝拉唑等质子泵抑制剂。一般治疗1-2周，不建议长时间服用。同时口服胃黏膜保护剂，比如麦滋林、胃铋镁颗粒、果胶铋、聚普瑞锌等药物，这样可以有效保护胃黏膜。
同时如果病人有幽门螺杆菌感染，这是慢性萎缩性胃炎的主要致病因素，可以根除幽门螺杆菌，可以采取四联疗法口服，往往应用一种质子泵抑制剂和一种胶体铋剂联合两种抗生素，进行彻底有效的根除治疗，根除时间一般是2周。
所以慢性萎缩性胃炎用药没有最好，只有最合适药物。针对患者的症状来进行治疗，平时要避免生、冷、硬、辣的食物，避免烟酒，这样有利于患者尽快恢复。