结石引起肚子疼，首先需要到医院做彩超和CT检查，先明确结石的大小、位置，再采取治疗措施。
如果是胆囊结石肚子疼，同时一般伴有发热、黄疸，可以先使用消炎药物对症处理，如果症状不能缓解，一般需要做手术治疗。如果是输尿管结石，一般都先做解痉止痛处理，必要时，可使用阿片类药物，比如杜冷丁、吗啡等。
对于0.6cm以下的结石，可以通过大量喝水，配合排石冲剂和一些松弛平滑肌的药物，加上α-受体阻滞剂来促进排石。
对于小于1.5cm以下的输尿管结石，一般都是采取体外冲击波碎石来进行治疗。同时要配合多喝水，吃排石冲剂，这种方法价格比较低廉，效果也很迅速，可以把大的结石粉碎成小的结石，然后排出体外。
如果结石比较大或有感染症状、肾功能急性损害，一般采取微创手术治疗，常见的包括膀胱镜、输尿管镜钬激光碎石、经皮肾镜钬激光碎石、腹腔镜下肾盂输尿管切开取石这些微创手术。有一些开放的手术，但是现在患者都不太能接受，用的比较少。