咽下综合征一般预后良好症状，轻者一般不需特殊治疗，呕吐量大者，应注意让患儿侧卧以免误吸，适当禁食，给予营养支持治疗。当吞入的液体吐净之后，患儿一般在1-2天左右可以治愈。
呕吐严重者可以进行洗胃治疗，并完善电解质检查、血糖、血气等检查，以维持内环境的稳定，一般经过治疗1-2次之后即可痊愈。正常情况下胎儿在宫内可吞入少量羊水，对胎儿的胃黏膜并没有刺激。
但是在分娩过程中，胎儿吞入羊水量过多，或吞入被胎粪污染的羊水，或者含有较多母血的羊水，即可发生新生儿咽下综合征。
疾病多见于有难产史、窒息史或过期产儿，常于生后尚未开奶即开始呕吐。但婴儿一般全身状况良好，胎粪排出正常，腹部没有异常的体征。通常在1-2天内，将咽下的异物吐干净之后，呕吐就会停止，预后良好，不会影响到后期吃奶的情况，也不会影响到体重增长。