尿道取石手术之后，早期的常见并发症是血尿、尿路感染。男性患者还有可能会出现睾丸附睾炎症，而远期的并发症可能会有尿道狭窄。
尿道结石的患者，如果需要通过手术来进行取石，一般表明结石比较大。结石会损伤尿道而引起血尿，而且在取石的过程中，也可能会对尿道造成进一步的损伤，引起术后出现血尿症状。但是出血一般在术后的2-3天就会停止，不必过于担心。
第二种常见的并发症是术后感染，由于结石损伤了尿道黏膜，术后在愈合的过程中，有可能会导致尿道炎症。在手术后适当地使用抗生素预防感染，可以有效抑制尿路感染的出现。
男性患者还有可能会出现睾丸附睾炎症。主要是由于致病微生物通过输精管，逆行进入了睾丸以及附睾而引起的。而远期并发症可能会出现尿道狭窄。主要是在术后，尿道结石所在位置伤口愈合的过程中出现了疤痕，从而导致尿道狭窄的出现。需要早期做尿道扩张处理。